生态文明体制改革与环境保护的关系十分密切。十八大提出的生态文明建设任务清楚地包含了三层意思：“给自然留下更多修复空间，给农业留下更多良田，给子孙后代留下天蓝、地绿、水净的美好家园”；“从源头上扭转生态环境恶化趋势，为人民创造良好生产生活环境，为全球生态安全做出贡献”；“努力走向社会主义生态文明新时代”。
《生态文明体制改革总体方案》是一个集体智慧的产物。这个方案是由中央财经领导小组办公室牵头，会同中央和国务院的12个有关部门组成一个起草组共同完成的。6个方面的配套政策，有3个是环保部牵头会同有关部门共同起草的。这三个文件是《环境保护督查方案》、《生态环境监测网络建设方案》和《生态环境损害赔偿改革试点方案》。
环境保护督察方案，是要通过切实落实地方党委和政府在环境保护方面的主体责任，来加快解决突出环境问题，促进环保产业的发展，推动发展方式向绿色低碳转变。该方案主要特点有三个：第一，层级高。方案明确环境保护督查组的性质是中央环境保护督察。国务院要成立工作领导小组，具体的组织协调工作由环境保护部牵头负责。第二，实行党政同责。落实中央关于生态文明的决策部署，各级党委和政府具有同样的责任，在方案里明确了督察的对象，主要是各省级党委和政府，及其有关部门，并且方案要求下沉到部分地市级党委和政府。第三，强调督察结果的应用。在督察结束以后，重大问题要向中央报告，督察结果要向中央组织部移交移送，这些结果作为被督察对象领导班子和领导干部考核评价任免的重要依据。
《生态环境监测网络建设方案》已于8月发布。该《方案》共分六部分二十条，对今后一个时期我国生态环境监测网络建设做出了全面规划和部署。
《方案》指出，生态环境监测是生态环境保护的基础，是生态文明建设的重要支撑，要坚持全面设点、全国联网、自动预警、依法追责，形成政府主导、部门协同、社会参与、公众监督的生态环境监测新格局。到2020年，要建设陆海统筹、天地一体、上下协同、信息共享的生态环境监测网络。主要体现在四个方面：一是三个全覆盖——环境质量全覆盖、重点污染源全覆盖、生态环境状况监测全覆盖；二是要实现数据互联共享；三是在自动预警、信息化能力和水平上要有明显提升；四是要实现在监测和监管上协调联动。
《生态环境损害赔偿改革试点方案》提出了8项内容，包括确定赔偿范围、明确赔偿义务人、确定赔偿权利人、建立生态环境损害赔偿磋商机制、完善相关诉讼规则、加强赔偿和修复的执行与监督，规范鉴定评估，提供资金保障。同时明确，仅适用于因污染环境、破坏生态导致的生态环境要素及功能的损害，即生态环境本身的损害。不适用涉及人身伤害、个人和集体财产损失及海洋生态环境损害赔偿。根据计划，2015年到2017年选择部分省市开展试点工作，2018年在全国实行，到2020年初步构建生态环境损害赔偿制度。
认识自然资源是有价值的，使用者必须付费，所有者必须收费，这是建立生态补偿机制的理论基础。因此，要继续研究和处理好自然资源、自然资产、自然资本三者的关系。
环保部门除了做好上述三项任务，还要做好日常工作，帮助政府在建设生态文明中增强生态产品生产能力，向人民提供清新空气、清洁水源、安全食品等。
生态环境的管理机构改革，一直在探讨中，生态文明体制改革一定会推动机构的改革。中国科学院可持续发展战略研究组编写的《2015中国可持续发展报告——重塑生态环境治理体系》，提出了中央部委生态环境管理职能重组的建议方案。中科院可持续发展战略研究组组长王毅指出：“中央部委生态环境管理职能重组的目标是将污染防治、生态保护、自然资源管理的政策制定、组织执行、监管执法、协调合作、提供环境公共产品等职责进行合理配置，从而减少职能交叉，降低行政协调成本，实现权力制衡上的协调一致，提高体制运行效率。”他们在提出三个备选方案基础上，提出了综合建议方案，即“相对集中、集中与分散相结合”的“二委一部一局”：自然资源资产管理委员会、资源与环境保护部、国家生态环境质量监测评估局。
在下一步机构改革中，有可能看到“大部制”环保机构的诞生。
