(一)农村水电管理体制主要涉及大小电网关系
农村水电管理体制除归口管理和机构、职能与职能行使(即机构、职能和能力建设)外，主要涉及大小电网关系。两者关系怎样，关系到是为农村水电及电气化事业发展提供体制性保障，还是产生负面性影响，甚至造成体制性障碍。
(二)大小电网关系
1.概念
以国家电力(中央大型企业)为主形成的国家电网和以农村水电、(小水电)或以农村水电(小水电)为主体的地方电力(地方小型、中型企业)为主形成的地方电网，一般称为大小电网(或称国网县网、国网地网)。
2. 大小电网并举共存、和谐协调发展，是客观规律
(1)从上世纪70年代“大小电网并举，各有侧重，余缺调剂，共同发展”，到上世纪80年代～90年代“大小电网并举，两种管电体系共存，互补互惠，共同发展”，到新世纪“坚持电力体制改革方向，打破垄断，大小电网并举共存，和谐协调发展”，这既是客观存在的电力格局，也是协调规范两者关系所应达到的目标。
(2)农村水电实行地方办电与管电、管网的结合，建立和完善地方独立配电公司，参与培育分层次分区域多市场主体有序竞争的电力市场，符合电力体制改革的方向，适应社会主义市场经济发展的需要，适合资金来源多渠道、投资主体多元化、公有制实现形式多样性的举办经营特点，符合国际社会电力能源的战略发展方向。
(3)“大小电网并举共存、和谐协调发展”的电力格局，是历史形成的，是国情决定的，是建设的成果，是事物发展的客观规律。
3. 新世纪大小电网关系
(1)进入新世纪，大小电网关系是联合电网与分布式供电的关系，是提供输电通道与进行电能交换交易的关系，是输电网与配电网的关系。是赋予农村水电(小水电)、地方电力平等的发展机会和国民待遇，让电力普遍服务深入农村、惠及农村，推进农民增收、农业增效、农村发展，共享改革发展成果，共创和谐社会的关系。
(2)在公平竞争、开放有序的电力市场尚未形成的过去和当前期间，大小电网关系问题的实质是垄断与反垄断的关系。
(3)正确对待和妥善处理大小电网之间的关系，巩固和完善大小电网并举共存、和谐协调发展的合理格局，关系到统筹城乡发展，实行工业反哺农业、城市支持农村的方针，有利于在国家的宏观调控和科学监管下，彻底消除垄断，培育市场竞争主体，建设和完善社会主义电力市场体系，促进包括农村水电(小水电)、地方电力在内的整个电力工业更好更快发展。
(三)大小电网相联结，治水办电相结合，发挥了重大作用
在国家宏观调控和协调规范下，大小电网相联结，治水办电相结合，发挥大电网的支撑与保障作用，发挥水资源的综合利用优势与功能，在上世纪的农村水电初级电气化建设和新世纪的水电农村电气化和小水电代燃料建设中，中西部地区和东部山区的许多县镇农村，农村水电电电源、电网建设相同步，电力建设、负荷发展相协调，发电、防洪、灌溉、水保、供水相结合，以水发电，以电养电补水，以电兴工促农，以电代燃料和治理水土，统筹协调资源、电能、环境、生态、扶贫和农村水电及电气化、代燃料建设，保护和改善了生态环境，解放和发展了农村社会生产力，为农村与县域经济社会的全面协调可持续发展，发挥了重大作用。
(四)大电网扩大营造垄断，影响农村水电及电气化发展
1.当前大电网输配一体的垄断体制并未打破，垄断购电售电的营销机制仍在发挥强势作用，主辅不分仍在不断发生关联交易。强势垄断的大电网，从上世纪90年代末全面推行“上划代管”、“控股股改”、“贱价收购” 农村水电电网及其资产开始，直到现在，仍在不少地方继续推行“上划代管”、“控股股改”和“贱价收购”，不断扩大和营造输配一体的行业垄断和“一省一公司”的区域垄断。
2.全国农村水电自供自管县已由上世纪90年代末的800余个减少为目前的240余个，70%的自供自管县失去了电网和供区市场，由“三自”(自发自供自用)变为“三限”(限时限量限价上网)。经过多年反垄断与垄断的拼争，现在连四川跨县地区性的乐电、岷电、明星电力、西昌电力和雅安电力5家发供一体的配电网企业，前4家为上市公司，已被“实行厂网分开”的大电网“收购控股”，后一家被代管。目前乡村小水电能够保留电网供区的，更是屈指可数。
3.直到目前，一些农村水能资源丰富的贫困地区的乡村小水电和附近的农民，始终未从“有水难以发电、发电难以自用、上网电价很低，发电收益减少、购电支付增加、农民负担加重”的垄断桎梏中解放出来。在电力垄断体制的严重影响下，办电只为上网卖电，垄断营销自有大网，致使一些地方的小水电与当地农民的利益脱节，与生态建设及环境保护脱节，农民用不起电，得不到实惠，发生群体事件，留下了影响稳定的隐患。
4.使农村水电及电气化发展受到体制性障碍威胁的究竟是谁?就是输配不分、主辅一体、购销合一的电网垄断体制并未打破，而且还在扩大施行、加强施行。
(五)坚持电力体制改革方向，开展输配分开改革试点，调整巩固完善处于配电端的农村水电管理体制
1.根据国家《电力体制改革方案》、《十一五规划纲要》、《十一五深化电力体制改革实施意见》的规定精神，我国电力体制改革要打破两个垄断，一是发、输、配一体的行业垄断，二是“一省一公司”的区域垄断;实行三个分开，一是“厂网分开、竞价上网”，二是“主辅分开、消除关联关系”，三是“输配分开、竞争供电”。在全国组建若干个独立发电公司、若干个独立输电公司和众多的独立配电公司，电网企业的“三产”和多种经营企业参加发电企业的重组或交由地方管理。构建一个公平竞争、开放有序、健康发展的社会主义电力市场体系。
2.“厂网分开、竞价上网”，关系的是若干独立发电公司和相关投资者的权益;“主辅分开、消除关联关系”，关系的是发、供、用电多方面的权益;“输配分开、竞争供电”，关系的是众多的独立配电公司和广大县镇农村人民群众的权益，特别是广大贫困山区、老少边穷地区人民群众的根本利益。
3. 继续解放思想，坚持电力体制改革方向，尽快开展输配分开改革试点。在趸售、“上划”、“代管”、“控股股改”县中选择条件好、代表性强的开展试点，不把它们与大电网供电局、直供县同时考虑，可防止出现“制约多、困难大、进展慢”的问题而收到事半功倍的效果。
4.坚定不移地坚持“打破垄断，引入竞争，大小电网并举共存，和谐协调发展”的格局和目标，期盼亦相信，经过否定之否定而螺旋式上升的农村水电管理体制会得到调整、巩固和完善，众多同处配电端平等竞争地位的不同产权的独立配电公司(包括原有的800多个自供自管县地方独立配电公司在内)，会为电力普遍服务深入农村，消除二元经济结构，推进城乡一体化，共享改革发展成果而贡献自己的力量。
