新型发酵工业是利用生物技术对农产品(11.89,-0.05,-0.42%)进行精深加工的高科技产业，主要产品包括氨基酸、有机酸、酶制剂、酵母、淀粉糖、多元醇和特种功能生物制品等。2008年，我国发酵工业产品产量达1300多万吨，产值1400多亿元，同比分别增长15％和11％。其中大宗发酵产品中的味精、柠檬酸、赖氨酸等产品的产量和贸易量位居世界前列。
作为以粮食为原料的发酵工业用水量相对较大，每吨产品消耗水量在15吨至150吨之间不等；发酵工业也是耗能相对较高的产业，其能源成本约占生产总成本的20％，因此节能和节水任务非常艰巨。
发酵行业的废水排放量约占全国工业废水排放总量的1.8％，是轻工业中污染较重的行业。发酵工业的废水、废渣槽中含有丰富的蛋白质、氨基酸、糖类和多种微量元素，具有较高的COD（化学需氧量）值，不加利用直接排放既浪费了资源，同时也增加了污染物处理成本，因此如何综合利用资源、变废为宝，实现清洁生产，是行业的突出问题。
发酵工业是农产品深加工产业，也是农业产业化的延伸。要解决节粮、节能、节水和环保问题，发酵工业必须走资源节约型循环经济的发展道路。
近年来，发酵工业在清洁生产方面做了大量工作。各行业利用高新技术和传统工艺相结合，积极开展资源综合利用，做到物尽其用，在提高附加值的同时，减轻或消除对环境的污染，努力实现清洁生产。行业内大型企业积极采用先进的清洁生产技术，投入大量资金对发酵生产过程中产生废水、废渣和废气进行治理和回收利用，特别是柠檬酸行业和味精行业取得了长足的进步。
按照有关规定，发酵行业的味精、柠檬酸、酒精等行业落后生产能力的淘汰力度正不断加大，“十一五”期间要实现减少COD138万吨，今年要实现减少COD62万吨，其中味精行业年产3万吨以下味精企业“十一五”期间淘汰20万吨，本年度淘汰5万吨；环保不达标的柠檬酸企业“十一五”时期淘汰8万吨，本年度淘汰2万吨。
发展循环经济是从源头实现清洁生产的最有效途径，可以提高清洁生产的经济效益。因此，发酵工业将积极推进和实施清洁生产、节约粮食、加强对废水（物、气）的治理、节约能源等，全面提高我国发酵工业的发展水平和竞争力，达到可持续发展的目标。
在资源利用方面，要合理使用、节约和保护水、土地、能源等资源，提高资源利用率和综合利用水平；在环境保护方面，要实施污染物排放总量控制，大力推进清洁生产和环保产业发展，达到建设资源节约型和环境友好型的发酵工业，加快发酵工业可持续发展的步伐；无论是新建和扩建的发酵企业都要采用先进、成熟技术，生产技术与装备达到国际先进水平，提高综合利用水平，加大生产节能、降耗、污染治理技术的研发力度，大力推进清洁生产工艺技术，发展循环经济，淘汰落后的生产技术和工艺。
