在清洁能源方面，我国将加强清洁煤技术，石油、天然气的开采与综合利用技术的国际合作，实施以我为主的风能、太阳能、生物质能等可再生能源国际合作计划，推进清洁发展机制项目的国际合作。
在先进核能开发与利用方面，合作重点包括高温气冷堆、快中子试验堆、磁约束核聚变研究等，并将继续推进“国际热核实验反应堆计划”的国际合作。
在节约能源方面，我国将以工业节能、建筑节能、生活节能以及低能耗与新能源汽车等技术为重点，推进节能领域的国际合作。重污染行业清洁生产关键技术和工艺、重点城市大气复合污染综合防治技术与技术集成、固体废弃物的处理处置与综合利用技术等，成为清洁生产和循环经济的合作重点。
在水资源与矿产资源方面，合作重点包括水资源优化配置技术、重点流域水污染防治技术与示范、节水技术、海水淡化及综合利用技术以及复杂金属矿的关键技术等。
“十一五”期间，我国国际科技合作将紧密围绕建设创新型国家的总体目标和《国家中长期科学和技术发展规划纲要》的重点任务与要求，以提高自主创新能力为中心，努力在拓展合作领域、创新合作方式和提高合作成效三个方面取得新的突破。
在拓展合作领域方面，我国将进一步扩大国家科技计划对外开放的范围，除涉及国家安全或特殊要求外，国家科技重大专项、国家高技术研究发展计划、国家科技支撑计划、国家重点基础研究发展计划、科技条件平台建设专项、国家自然科学基金、中科院知识创新工程、教育部211工程和985工程等都应积极开展对外科技合作与交流；扩大科研机构、高等学校、国家重点实验室等对外科技合作与交流；积极推动企业开展多种形式的对外科技合作，扩大国家高新区、科技企业孵化器等对外合作与交流。
在创新合作方式方面，国家将加大重点领域、关键技术的合作研发，将重点任务纳入双边、多边政府间科技合作协议中，合理分享知识产权及研发成果；重点扶持中外合作研发机构的建立，包括共建企业研发机构，创建一批国际科技合作研发基地和产业化基地；扩大技术输出和技术转移，通过合作研究、联合调查、技术培训、科技援助等多种形式，促进技术及产品的出口，推动科研机构和企业“走出去”；积极参与国际大科学计划和大科学工程，启动并组织实施由我国主导的大科学计划和大科学工程；积极参与国际组织及其活动，鼓励我国科技人员到国际组织任职，扩大我国科技的国际地位和影响。
